截至2017年末，旌德县共有卫生计生机构18个（不含村卫生室），其中医院、卫生院13个，妇幼保健计划生育服务中心（所、站）1个，疾病预防控制中心1个，卫生监督局1个，新型农村合作医疗管理中心1个。专业卫生技术人员650人（含聘用人员），其中执业医师、执业助理医师380人。卫生机构共有床位791张。新型农村合作医疗参合人数12.1万人。